Un microbiote sain ? Il n'y a pas de définition consensuelle...
Malgré les progrès réalisés, il n'existe toujours pas de définition consensuelle d'un microbiote sain, rappelle Mélanie Deschasaux-Tanguy, coordinatrice du volet microbiote de la cohorte Nutri-Net-Santé. En revanche, certaines de ses fonctions essentielles sont bien connues, notamment la digestion des fibres fermentescibles, souligne Joël Doré, directeur de recherche à l'Inrae (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement). Non digérées dans l'intestin grêle, ces fibres atteignent le côlon où elles sont fermentées par les bactéries. Cette fermentation produit des molécules essentielles, notamment le butyrate, explique Joël Doré. Elle nourrit les cellules du côlon et favorise une bonne santé intestinale en régulant le système immunitaire.
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Cet exemple illustre l'importance de préserver l'équilibre entre l'hôte et son microbiote, en consommant suffisamment de fibres. La diversité du microbiote est également essentielle : plus elle est élevée, plus l'organisme résiste aux bactéries pathogènes et bénéficie d'interactions favorables avec les autres organes. Pour l'encourager, Joël Doré recommande non seulement cinq fruits et légumes par jour, mais surtout une trentaine de végétaux différents par semaine (fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, noix et graines).
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Un socle bactérien variable selon les individus
Benoît Chassaing, spécialiste de ces questions à l'Institut Pasteur, conseille également de limiter la consommation d'aliments ultratransformés. "Mes travaux ont montré que certains additifs, comme les émulsifiants, peuvent perturber le microbiote intestinal et favoriser une inflammation chronique associée à certaines maladies, tel que le diabète de type 2." Cependant, des résultats récents ont mis en évidence une complexité supplémentaire : les effets des émulsifiants ne sont pas uniformes. "Certaines personnes y sont très sensibles, tandis que d'autres semblent y résister", observe Benoît Chassaing.
De même, au concept de "core micro-biota", c'est-à-dire un socle commun de bactéries présent chez les individus en bonne santé, les scientifiques préfèrent celui de "core fonctionnel", non plus défini par des bactéries strictement identiques chez tous les individus, mais par des fonctions similaires assurées par des micro-organismes différents, précise Mélanie Deschasaux-Tanguy.
Aussi, malgré l'existence de quelques recommandations générales, il demeure impossible à ce stade d'élaborer des régimes alimentaires personnalisés fondés sur le microbiote. À court terme, ces approches relèveront plutôt de la thérapie ciblée, estiment les trois scientifiques.